灰指甲最有效的治疗方法需综合多种方式，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法。外用药物方面，像阿莫罗芬搽剂就比较常用，每周使用1-2次，连续使用几个月可能有效果，但起效相对较慢。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹药液，不过一般需要坚持使用数月。环吡酮胺乳膏： 同样是外用抗真菌药，可涂抹在病甲周围皮肤，抑制真菌生长，但对于较严重的灰指甲，单独使用效果可能有限。
口服药物治疗
伊曲康唑： 属于抗真菌口服药，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。它能抑制真菌细胞的麦角固醇合成，达到抗真菌目的，但服用期间需要定期监测肝功能。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，每天服用一次，一般手指甲灰指甲需要服用6-12周，脚趾甲灰指甲需要服用12-16周。它通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲可以考虑拔甲，但创伤较大，术后恢复需要一定时间，而且新长出来的指甲也有再次被感染的可能，现在应用相对较少。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，但通常需要多次治疗，费用相对较高，且不是所有患者都能达到理想效果。得了灰指甲要及时治疗，同时要注意个人卫生，保持足部或手部干燥清洁，不与他人共用鞋袜、毛巾等物品，避免交叉感染。如果是免疫力低下的人群，比如糖尿病患者等，治疗可能需要更谨慎，要在医生指导下选择合适的治疗方案。