阳痿手术可能存在一些危害，比如感染风险，有研究显示手术部位感染发生率约在2%~5%左右。
术后恢复相关危害
出血问题：手术过程中或术后可能出现出血情况，少量出血一般可自行吸收，但如果出血量较多，可能需要再次手术处理。比如一些阴茎假体植入手术，术后出血较多时就可能影响手术效果和患者恢复。疼痛不适：术后患者会有不同程度的疼痛，一般会持续数天到数周。部分患者可能疼痛较为明显，影响休息和恢复，需要使用止痛药物缓解，但药物可能有一定副作用。
手术效果相关危害
效果不理想：并不是所有接受阳痿手术的患者都能达到预期效果。有一定比例的患者术后勃起功能改善不明显，比如阴茎血管重建手术，约有10%~20%的患者术后勃起功能改善未达期望。复发风险：部分手术存在复发可能，例如一些因特定病因导致的阳痿，手术解决了当前问题，但后续可能因为相同或其他因素再次出现阳痿情况。
对身体其他方面的影响
阴茎外观改变：某些阳痿手术可能会对阴茎外观产生影响，比如阴茎假体植入后，可能会让阴茎外观与正常情况略有不同，部分患者可能会因此产生心理压力。影响性生活体验：除了勃起功能，手术还可能影响性生活的其他方面，如性交时的敏感度等。有患者术后可能出现性交时感觉不如术前或期望的情况，进而影响夫妻关系等。