月经不净呈褐色可能由盆腔炎、药物流产不全、黄体功能不足等原因引起。
一、盆腔炎：
盆腔炎是因多种微生物感染所导致。病情较轻者可能无症状或症状较轻微，严重者则会出现下腹痛、阴道分泌物增多以及阴道异常出血等情况。在月经方面会致使月经量增多、经期延长，进而导致经血淋漓不尽且分泌物呈褐色。可在医生指导下使用抗生素进行治疗，如甲硝唑片、阿奇霉素片等。必要时也可选择手术治疗。
二、药物流产不全：
简单来讲，药物流产就是通过药物来终止妊娠，通常适用于怀孕49天以内的情况。药物流产失败或流产不全的患者会出现产后出血，有时出血时间会持续较长，从而出现月经不调、分泌物呈褐色等症状。此时遵医嘱需要进行清宫手术。
三、黄体功能不足：
黄体功能不全主要表现为月经周期缩短、经期延长、月经过多等，还可能有月经淋漓不尽、褐色分泌物的现象。
此外，还有可能是子宫内膜炎、内分泌失调等原因导致，一般建议做附件和腹部彩超进行诊断，然后遵医嘱进行对症治疗。
总之，当出现月经不净褐色的情况时，要及时就医，明确具体原因，以便采取合适的治疗措施。