霉菌性龟头炎主要由白色念珠菌等真菌感染引起，治疗常用抗真菌药物，一般通过局部用药或口服药物来改善。通常局部外用抗真菌药膏是常用的治疗方式，比如可以使用克霉唑乳膏等，一般坚持用药1 - 2周左右可能会有较好效果。
局部外用药物
克霉唑乳膏： 属于广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程，从而发挥抗真菌作用。直接涂抹在龟头患处，每天1 - 2次，用药时要清洁龟头部位，保持局部干燥。咪康唑乳膏： 对念珠菌属有抗菌作用，能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇的生物合成，损伤真菌细胞膜和改变其通透性，导致重要细胞内容物漏失。用法也是外用，涂抹于洗净的患处，早晚各1次。
口服抗真菌药物
氟康唑： 是一种高效、广谱的三唑类抗真菌药，它能抑制真菌细胞膜必要成分麦角甾醇的合成，使真菌细胞膜缺损，代谢紊乱而起到杀菌作用。一般对于病情较严重或反复发作的霉菌性龟头炎患者，可在医生指导下口服氟康唑，但需要注意肝功能情况，用药期间要定期监测肝功能。伊曲康唑： 也是三唑类抗真菌药，作用机制是高度选择性干扰真菌的细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成，达到抗菌效果。同样是在医生评估后，根据病情决定是否使用，且要关注可能出现的胃肠道不适等不良反应。
用药注意事项
个人卫生： 在用药治疗霉菌性龟头炎期间，要保持龟头局部清洁，每天用清水清洗龟头，避免污垢残留加重感染。同时要勤换内裤，内裤最好选择棉质宽松的，减少局部摩擦和闷热。避免性生活： 用药治疗期间应避免性生活，因为霉菌性龟头炎可以通过性接触传播给性伴侣，所以为了避免交叉感染，治疗期间要禁止同房。性伴侣同治： 如果性伴侣也出现相关症状，需要一起检查治疗，否则即使男性治愈了，也可能通过性生活再次被感染，导致病情反复。