手术往往都伴有一定风险，像麻醉风险以及手术本身的风险等。喉咙囊肿常见的有会厌囊肿和声带囊肿，这两种囊肿通常都要借助全麻手术来治疗，所以会存在麻醉风险。其中会厌囊肿一般采用支撑喉镜下切除术，术后主要的手术风险就是术区出血。而声带囊肿的手术切除风险相对要小些，主要手术风险在于可能会损伤声带的正常组织。
一、麻醉风险：
喉咙囊肿手术需实施全身麻醉，在全身麻醉状态下，患者处于镇静状态，吞咽及咳嗽反射会减弱，这样就容易出现胃食管反流，一旦反流物到达咽喉部，就可能引发误吸，进而导致窒息。故而在进行全身麻醉前，患者需要禁食8至12小时。此外，麻醉还可能引发高血压、低血压、心律失常等一系列风险。
二、手术风险：
1.会厌囊肿：是因会厌黏膜的黏液腺管受阻，使得黏液潴留从而形成的囊性肿物。较小的会厌囊肿通常无需治疗，较大的囊肿多通过支撑喉镜下切除囊肿手术来处理，此手术具有切除彻底、损伤小以及手术并发症少等优点，风险相对较小，但依然可能存在术区出血的风险，必须要加以重视。
2.声带囊肿：是声带黏膜下黏液腺管阻塞导致的囊肿，属于声带常见良性病变之一。治疗常采用显微镜或内镜下微瓣手术，能够完整摘除囊肿，然而由于囊肿位于黏膜下，周围组织或许存在粘连，手术也有可能导致囊肿破裂，或者在进行囊壁大部分切除术时损坏部分声带组织，这可能致使声音嘶哑加重，甚至出现终身嘶哑的风险。
总之，喉咙囊肿手术存在多种风险，包括麻醉风险和手术本身的风险，需要在术前对患者进行全面评估和充分准备，以降低风险的发生。在术后也要密切观察患者的情况，及时发现和处理可能出现的问题。