月经结束第二天小腹隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.排卵痛：月经结束后第二天可能正处于排卵期，卵子排出时，卵泡液对腹膜会造成刺激，从而引起腹痛，一般为小腹一侧隐痛或坠胀样疼痛，通常持续6-12小时。这种疼痛比较轻微，可不进行特殊处理，注意休息即可。
2.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎等，也可能导致月经结束后小腹隐痛。常伴有白带异常、阴道出血等症状。
3.其他：子宫内膜异位症、子宫肌瘤等也可能出现这种情况。
如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、妇科检查等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，在月经期间和月经结束后，女性应注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，同时注意保暖，避免食用辛辣、生冷等刺激性食物。如果有生育需求，建议在备孕前进行全面的孕前检查，以确保身体健康。