右肾囊肿是否严重不能一概而论，多数较小的右肾囊肿并不严重，一般直径小于4厘米的单纯性右肾囊肿，通常对肾功能和身体健康影响不大，定期复查即可。
囊肿大小与严重程度的关系
直径小于4厘米的囊肿：这类囊肿通常生长缓慢，对肾脏组织的压迫较小，一般不会引起明显的临床症状，对肾功能的影响几乎可以忽略不计，患者定期（每6-12个月）做肾脏超声检查，观察囊肿大小变化就行。直径4~8厘米的囊肿：随着囊肿增大，可能会对周围肾组织产生一定压迫，有少数人可能会出现腰部隐痛等不适症状，但通过超声引导下穿刺抽液等简单处理后，大多能改善症状，相对来说通过合适处理后预后较好，但也需要密切关注。
囊肿性质与严重程度
单纯性肾囊肿：这是最常见的类型，大多为良性，恶变几率非常低，一般不严重，只要定期监测就行。复杂性肾囊肿：如果囊肿出现分隔、钙化、壁结节等情况，就要警惕有恶变可能，相对来说情况更复杂严重些，可能需要进一步做增强CT、磁共振成像（MRI）等检查来明确囊肿性质，必要时可能需要手术活检以确定后续治疗方案。
伴随其他疾病时的严重程度
合并高血压：若右肾囊肿患者同时伴有高血压，囊肿可能会因为肾脏血流动力学改变等因素，使得血压更难控制，相对单纯肾囊肿不伴高血压的情况要更需重视，需要在控制囊肿相关情况的同时，积极控制血压，防止血压长期过高对心、脑、肾等重要脏器造成损害。合并肾功能不全：如果右肾囊肿患者已经合并有肾功能不全，那么囊肿可能会加重肾脏的损伤，情况相对复杂严重，需要综合评估囊肿情况和肾功能不全的程度，制定个体化的治疗方案，既要考虑如何处理囊肿，又要兼顾保护剩余肾功能。