自身免疫性疾病种类较多，目前已发现约80种。常见的自身免疫性疾病可从不同系统来分类。
一、结缔组织病相关自身免疫性疾病
类风湿关节炎： 主要累及关节，导致关节肿胀、疼痛、畸形等。患者体内会产生异常抗体攻击关节滑膜，引发慢性炎症。系统性红斑狼疮： 可累及多个系统，如皮肤会出现红斑，还可能影响肾脏、血液等。它是因为自身免疫系统错误地攻击自身组织，产生多种自身抗体。
二、内分泌系统自身免疫性疾病
1型糖尿病： 机体免疫系统破坏胰腺中产生胰岛素的胰岛β细胞，使得胰岛素分泌不足，患者需要依赖外源性胰岛素来调节血糖。桥本甲状腺炎： 自身抗体攻击甲状腺组织，导致甲状腺功能减退等问题。初期可能没有明显症状，后期会出现甲状腺肿大、甲状腺功能低下等表现。
三、神经系统自身免疫性疾病
重症肌无力： 神经肌肉接头处传递功能障碍，导致肌肉无力，常见症状有眼睑下垂、吞咽困难等。自身抗体破坏了神经肌肉接头处的乙酰胆碱受体。多发性硬化症： 免疫系统攻击中枢神经系统的髓鞘，影响神经信号传导，会出现肢体麻木、视力障碍等多种神经系统症状。
四、消化系统自身免疫性疾病
自身免疫性肝炎： 自身抗体攻击肝脏细胞，引起肝脏炎症，可出现乏力、黄疸、腹痛等症状。病情若得不到控制，可能会发展为肝硬化等严重肝病。乳糜泻： 患者进食含 gluten（麦胶）的食物后，免疫系统攻击小肠绒毛，影响营养吸收，会出现腹泻、消瘦、营养不良等表现。