肾结石的成因较为复杂，主要与代谢、饮食、疾病等多方面因素有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就容易引发肾结石。
代谢异常相关成因
尿液成分改变： 人体新陈代谢会产生各种物质，若尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高，就容易形成结晶。例如，尿钙排泄增多，当尿液中钙含量超出正常范围，就为肾结石形成提供了物质基础。正常情况下，尿液中的钙会维持在一定平衡状态，一旦平衡被打破，钙含量过高，就易形成含钙的肾结石。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或排泄减少，会使尿酸浓度升高，尿酸盐结晶容易在肾脏沉积形成结石。比如，一些患有痛风的患者，由于尿酸代谢异常，尿酸水平长期偏高，就比普通人更易患肾结石。
饮食因素相关成因
高草酸食物摄入： 长期大量食用高草酸的食物，会导致尿液中草酸含量增加。像菠菜、甜菜、巧克力等食物，含有较高的草酸，若经常大量食用，就会使尿液中草酸浓度升高，增加肾结石形成风险。例如，每天大量进食菠菜，就可能使尿液草酸水平明显上升。高嘌呤食物摄入： 过多食用高嘌呤食物会使尿酸生成增多，进而增加尿酸结石形成几率。动物内脏、海鲜、浓肉汤等属于高嘌呤食物，经常大量食用这类食物，会使体内尿酸生成增加，肾脏排泄负担加重，容易引发肾结石。
疾病因素相关成因
尿路感染： 某些尿路感染病菌会分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。比如，变形杆菌感染人体后，可能会导致尿液成分改变，引发肾结石。甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺功能亢进时，会使血钙升高，尿钙也随之增加，容易形成肾结石。患者体内甲状旁腺激素分泌异常，影响了钙的代谢平衡，从而增加了肾结石发生的可能性。