孢子菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般经过规范治疗可取得较好效果。
外用药物选择
酮康唑洗剂：可以抑制马拉色菌的生长繁殖，洗澡时将其涂抹在患处，停留5 - 10分钟后洗净，每周可使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药，直接涂抹在皮损处，每天1次，能有效抑制孢子菌。
口服药物方案
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药物，通过干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。一般需要连续服用一段时间，但具体疗程需遵医嘱。氟康唑：也可用于治疗孢子菌毛囊炎，同样是抑制真菌细胞的生长代谢来达到杀菌目的，口服吸收较好，不过也需在医生指导下根据病情使用。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥：患者要注意经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，可选择透气性好的棉质衣物，避免皮肤长时间处于潮湿闷热的环境，减少孢子菌滋生的条件。避免搔抓：搔抓患处容易导致皮肤破损，一方面可能引起感染扩散，另一方面不利于皮损的恢复，所以要尽量克制不要搔抓。注意个人卫生：个人的毛巾、浴巾等物品要单独使用并定期消毒，不与他人共用，防止交叉感染。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童使用抗真菌药物需谨慎，应在医生严格评估后选择合适的药物及剂量，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，药物代谢与成人不同，要避免使用可能对儿童生长发育有不良影响的药物。孕妇患者：孕妇患孢子菌毛囊炎时，用药需格外小心，一般不建议随意使用口服抗真菌药物，以免影响胎儿发育，多会先考虑外用相对安全的药物来控制病情，具体治疗方案要由医生综合孕妇的具体情况来制定。