免疫功能低下人群
免疫功能低下者使用益生菌需谨慎，这类人群自身免疫系统较弱，益生菌的摄入可能无法如常人般正常发挥调节作用，甚至可能存在潜在风险，需在医生评估后再考虑是否使用。
严重基础疾病患者
患有严重基础疾病，如肝肾功能不全且处于失代偿期的患者，其身体代谢和脏器功能已严重受损，益生菌的代谢等可能会加重肝肾功能负担，影响病情稳定，一般不建议随意使用益生菌。
早产儿、低出生体重儿等特殊新生儿群体
早产儿、低出生体重儿等特殊新生儿肠道发育尚不完善，肠胃功能极为脆弱，随意补充益生菌可能会打乱其原本脆弱的肠道微生态平衡，需在专业医生指导下，严格评估后谨慎选择是否使用益生菌。
对益生菌成分过敏人群
对益生菌所含成分过敏的人群，摄入益生菌后可能会引发过敏反应，如出现皮疹、呼吸困难等严重过敏症状，这类人群绝对不能使用益生菌。