硒酵母片的副作用相对较少，但也可能出现一些情况。一般来说，正常剂量下副作用发生的概率较低，但个体差异不同，也可能出现不同表现。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适： 少数人服用硒酵母片后可能出现胃肠道不适症状，比如恶心，有的患者可能会感觉吃饭后胃部有恶心的感觉；还有可能出现呕吐，个别人服用后会有呕吐现象；另外，也有出现腹胀的情况，表现为腹部胀满，感觉消化不畅。食欲变化： 极个别人可能会出现食欲减退的情况，就是不想吃东西，对食物的欲望降低。
皮肤方面的副作用
皮肤瘙痒： 有罕见的情况是服用硒酵母片后出现皮肤瘙痒，皮肤会有发痒的感觉，可能会忍不住去搔抓皮肤，但一般瘙痒程度因人而异，有的较轻，有的可能较为明显。皮疹： 个别过敏体质的人服用硒酵母片后可能出现皮疹，皮肤上会出现红色的小疹子，疹子的形态和分布可能各不相同，有的可能分散在身体各处，有的可能集中在某个部位。
其他可能的副作用
头痛： 极少数人服用硒酵母片后可能会出现头痛症状，头痛的程度也不一样，有的是轻微的头部隐痛，有的可能相对较明显的胀痛等。乏力： 部分人可能会感觉身体乏力，没有力气，做事情会觉得容易疲惫，影响日常的活动状态。不过需要注意，乏力也可能是其他多种因素引起的，需要结合服用硒酵母片的情况来综合判断是否与药物相关。