扁桃体炎通常可以用抗生素类药物治疗，一般细菌感染引起的扁桃体炎，可选用青霉素类抗生素，比如青霉素V钾片，不过有青霉素过敏史的人不能用。一般来说，规范用药后能较快缓解症状。
细菌感染型常用药
青霉素类：如果是细菌感染导致的扁桃体炎，青霉素V钾片是常用药，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。但对青霉素过敏者禁用。头孢类抗生素：像头孢拉定胶囊也可用于扁桃体炎的治疗，它通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌。不过对头孢菌素类药物过敏者要避免使用。
病毒感染型的应对
抗病毒药物：若为病毒感染引起的扁桃体炎，目前没有特效抗病毒药物，主要靠自身免疫慢慢恢复，但要注意休息和对症处理。比如利巴韦林颗粒有一定抗病毒作用，但也有一定副作用，使用需遵医嘱。
对症缓解症状的药
解热镇痛药：当扁桃体炎伴有发热、咽痛时，可使用对乙酰氨基酚片来解热镇痛。不过3岁以下儿童使用要谨慎，需在医生指导下用，而且不能长期大量使用。含漱液：复方硼砂含漱液可以用来漱口，能清洁口腔、减轻炎症带来的不适。使用时要按照说明书正确操作，保证含漱液在口腔内停留一定时间。