甲状腺结节一般没有特定的药物能直接消除结节，但可根据甲状腺功能等情况用药。如果甲状腺结节伴有甲状腺功能亢进，可使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，它能抑制甲状腺激素的合成，一般需要较长时间规律用药来控制甲状腺功能，可能需数月甚至更长时间。
甲状腺功能亢进相关药物
甲巯咪唑： 作用机制是抑制甲状腺过氧化物酶，从而阻断甲状腺激素合成。但2岁以下儿童使用需谨慎，需在医生严格评估下使用，因为儿童甲状腺功能调节与成人有差异。丙硫氧嘧啶： 也是用于甲亢的药物，能抑制甲状腺素合成，不过它可能会引起粒细胞减少等不良反应，用药过程中需要定期监测血常规等指标。
甲状腺功能减退相关药物
左甲状腺素钠： 当甲状腺结节伴有甲状腺功能减退时需要补充甲状腺素。一般需要长期服用，且不同年龄段、不同病情的患者剂量可能不同，比如成人初始剂量一般从每天50 - 100μg开始，然后根据甲状腺功能检查结果调整剂量。对于孕妇等特殊人群，调整剂量可能更为精细，因为甲状腺功能稳定对胎儿发育很重要。
良性甲状腺结节的一般观察用药
如果甲状腺结节是良性且甲状腺功能正常，通常不需要特殊药物治疗，但需要定期观察。一般建议每6 - 12个月复查甲状腺超声，观察结节大小、形态等变化。如果结节在随访过程中出现快速增大等可疑恶变迹象，可能需要进一步处理。
恶性甲状腺结节相关药物辅助
对于恶性甲状腺结节，手术是主要治疗方式，药物一般作为辅助。比如在甲状腺癌术后，可能会使用左甲状腺素钠来抑制促甲状腺激素（TSH），从而降低肿瘤复发风险。但具体的TSH抑制目标需要根据患者的危险分层等因素来确定，低危患者TSH一般控制在0.5 - 2.0mIU/L，高危患者可能需要将TSH控制在0.1 - 0.5mIU/L，但儿童患者TSH抑制目标又有所不同，要避免过低导致不良反应。