眼结膜结石通常可以通过局部治疗等方式来处理。一般来说，对于没有明显症状的眼结膜结石，可不做特殊处理；如果出现眼部异物感等不适症状，则需要进行剔除等操作。
无症状时的情况
无需特殊干预： 当眼结膜结石较小，患者没有任何不适症状时，通常不需要进行特殊的治疗，只需要定期观察眼部情况即可，一般每1 - 3个月到眼科进行复查，看看结石是否有变化。
有症状时的处理方式
局部麻醉下剔除：
操作过程： 医生会先使用表面麻醉剂，比如0.5%的丙美卡因滴眼液进行眼部表面麻醉，然后用无菌的针头将突出于结膜表面的结石剔除。这个过程通常比较快，几分钟就能完成。术后注意事项： 剔除后可能会有轻度的眼部异物感等不适，一般在数小时内会逐渐缓解。患者需要注意保持眼部清洁，避免用手揉眼睛，按照医生的嘱咐使用抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液等，预防感染，一般用药1 - 2周左右。
伴随炎症的处理：
炎症较轻时： 如果眼结膜结石伴有轻度的炎症，如结膜充血、轻度分泌物增多等，在剔除结石后，除了使用抗生素眼药水外，还可以使用非甾体类抗炎眼药水，如普拉洛芬滴眼液，来减轻眼部的炎症反应，一般使用3 - 5天左右。炎症较重时： 若炎症比较严重，出现明显的结膜充血、大量分泌物等情况，可能需要延长抗生素眼药水的使用时间，或者根据情况口服抗生素，但口服抗生素一般是在医生评估后，根据具体病情使用，通常不超过一周。
预防措施
注意眼部卫生： 要养成良好的眼部卫生习惯，勤洗手，不要用手随意揉眼睛。特别是在接触公共物品后，如公共交通工具的扶手、电梯按钮等，一定要先洗手再接触眼睛。避免长期刺激： 长期佩戴隐形眼镜的人群，要注意正确佩戴和护理隐形眼镜，避免隐形眼镜对结膜造成长期刺激，减少眼结膜结石形成的风险。一般建议每天佩戴隐形眼镜不超过8 - 10小时，并且按照护理液的要求定期清洗和消毒隐形眼镜。