支原体和衣原体感染存在以下区别：
一、感染系统不同：
1.支原体感染后，泌尿系统常受影响，易引发泌尿生殖系统疾病，比如尿道炎、前列腺炎等。
2.衣原体除了可入侵泌尿系统外，还会对眼部造成一定程度感染，易引发沙眼。
二、检查不同：
1.支原体主要检查生殖支原体与人型支原体。
2.衣原体检查的是衣原体抗体。
两者在治疗方面所使用的药物大致相同，主要是以消炎抗菌为主，临床上常用的有四环素类抗生素和大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、左氧氟沙星等。不过这两种疾病具有反复性，所以在治疗时建议夫妻同治。一旦出现这种情况应及时就医。
总结：支原体和衣原体感染在感染系统和检查方面有区别，治疗药物类似但疾病有反复性需夫妻同治。