跑完操后肚子特别疼可能是由以下原因引起的：
1.岔气：岔气指的是运动时呼吸肌痉挛，主要是因为在运动之前准备活动做得不充分，或者是在跑步的过程中呼吸频率太快，深度不够，以及吸入了过多的干燥冷空气等。岔气时，疼痛的部位通常在腹部和肋骨下方。
2.腹部肌肉痉挛：在跑步过程中，腹部肌肉需要不断地收缩和放松，如果运动强度过大或者运动时间过长，就可能导致腹部肌肉痉挛，引起肚子疼。
3.胃肠痉挛：如果在跑步前吃了太多东西，或者吃了一些不易消化的食物，跑步时就可能导致胃肠痉挛，引起肚子疼。
4.腹部疾病：如果本身就有腹部疾病，如胃溃疡、胃炎、胆囊炎等，跑步时可能会因为运动刺激而导致疼痛加重。
5.其他：女性在生理期时，跑步可能会导致肚子疼；跑步时穿着不当，如裤子过紧、腰带过高等，也可能会压迫腹部，引起肚子疼。
如果跑完操后肚子疼的症状比较严重，或者持续时间较长，建议及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在跑步前做好充分的准备活动，避免过度劳累和饥饿，注意呼吸节奏，穿着舒适的运动服装，也有助于预防肚子疼的发生。