晨起有眼屎通常是由结膜炎、角膜炎、干眼症等因素所致，可通过应用药物等方式来治疗。具体如下：
一、结膜炎：多由细菌侵入眼睑板，引发周围组织出现炎症反应。脱落的上皮细胞和变性白细胞形成脓性分泌物，并在眼部堆积，这往往会导致晨起有眼屎。治疗上可在医生指导下使用左氧氟沙星、妥布霉素滴眼液等药物。
1.左氧氟沙星：是一种广谱抗菌药物，对多种细菌有抑制和杀灭作用。
2.妥布霉素滴眼液：能有效对抗眼部细菌感染。
二、角膜炎：常因眼睛清洁不当等因素使得角膜组织产生炎症反应。角膜组织受炎症刺激后会产生大量分泌物，由于晚上睡觉时眼睛活动减少，导致分泌物在表皮蓄积，从而出现晨起有眼屎。治疗可在医生指导下使用头孢菌素、妥布霉素等药物。
1.头孢菌素：可起到抗菌消炎的作用。
2.妥布霉素：能减轻角膜炎症。
三、干眼症：由于年龄增长或环境影响，导致泪液分泌不足，造成腺管阻塞，皮脂分泌增多，表现为眼睛干涩、黏液增多，会在清晨出现上下眼睑被黏液或分泌物粘连等情况，进而表现为晨起有眼屎。可在医生指导下使用溴己新、新斯的明等药物进行治疗。
1.溴己新：有助于改善腺管阻塞情况。
2.新斯的明：可促进泪液分泌。
其他情况也可能造成晨起有眼屎，建议患者及时就医，由医生进行相应处理。总之，当出现晨起有眼屎的情况时，应根据具体病因进行针对性治疗。