导致小肚子中间一阵一阵疼痛的疾病主要有盆腔炎性疾病、急性膀胱炎、克罗恩病等。具体如下：
一、盆腔炎性疾病：这是女性上生殖道及其周围组织常见的一种感染性疾病，涵盖子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔腹膜炎等。主要由各种病原体感染引发严重反应而导致腹部阵发性疼痛。常见的致病菌包括淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、厌氧菌、阴道加德纳菌等。除了腹部疼痛外，还会出现脓性分泌物、发热、宫颈压痛等症状。
1.子宫内膜炎：病原体侵袭子宫内膜导致炎症，患者会有下腹疼痛、白带异常等表现。
2.输卵管炎：输卵管发生炎症，可引起腹痛以及可能影响生育功能。
二、急性膀胱炎：指病原体在膀胱内生长、繁殖引发的感染性疾病，病原体有细菌、真菌、支原体、衣原体、病毒等。各种病原菌感染致使膀胱粘膜扩张充血、水肿，并伴有脓性分泌物，从而导致腹部阵发性疼痛，同时还伴有尿频、尿急、尿痛、耻骨上方压痛、排尿困难等不适。
三、克罗恩病：这是一种病因未明的慢性炎性肉芽肿性疾病，可能是环境、遗传、肠道微生态等多因素相互作用使肠道异常免疫失衡，慢性炎症损伤肠道进而导致腹痛。腹痛是其最常见的症状，可为小肚子中间阵发性疼痛，此外还有腹泻、腹部包块等表现。
总结：小肚子中间阵发性疼痛可能由多种疾病引起，上述的盆腔炎性疾病、急性膀胱炎、克罗恩病较为常见，各自有其特点和相关症状表现，需仔细甄别和诊断。