新生儿心脏杂音可能由多种原因引起，其中约60%是生理性杂音，多因心脏结构尚未完全发育成熟导致。
生理性杂音原因
血流正常扰动： 新生儿心脏血管口径相对较细，血流通过时产生的湍流可形成杂音，这种情况一般不影响心脏功能，随着新生儿生长发育，多数在1岁内杂音会逐渐消失。心腔正常形态： 新生儿的心房、心室等心腔结构在发育过程中，可能出现暂时性的血流动力学改变，从而产生杂音，通常程度较轻。
先天性心脏结构异常导致
房间隔缺损： 这是常见的先天性心脏病，由于胎儿时期房间隔发育不全，导致左右心房之间存在异常通道。一般小型房间隔缺损可能在儿童期甚至成年后才出现症状，而较大的缺损可能在新生儿期就可听到明显杂音，部分患儿可能伴有气促、喂养困难等表现。室间隔缺损： 室间隔在胚胎发育过程中未能完全闭合，造成心室水平的左向右分流。小型室间隔缺损有自愈的可能，大型室间隔缺损在新生儿期就会出现心脏杂音，还可能伴有生长发育迟缓、反复呼吸道感染等情况。
血管畸形引发
肺动脉狭窄： 肺动脉瓣或肺动脉主干存在狭窄，使右心室向肺动脉射血受阻，从而产生杂音。轻度肺动脉狭窄可能无症状，重度狭窄会导致新生儿出现口唇发绀、呼吸急促等表现，需要及时进行评估和干预。主动脉缩窄： 主动脉某段发育狭窄，会引起上肢血压升高，下肢血压降低，在胸部可听到收缩期杂音，患儿可能伴有生长发育落后等情况。
其他可能因素
感染影响： 母亲在孕期若有病毒感染等情况，可能影响胎儿心脏发育，增加新生儿出现心脏杂音的风险。例如母亲孕期感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的几率会明显升高，进而导致心脏杂音的出现。代谢因素： 某些代谢性疾病也可能间接影响心脏结构和功能，引起心脏杂音。但相对来说，这类原因导致的心脏杂音较为少见。