阴茎根部皮肤有肉粒、有点疼可能是尖锐湿疣、传染性软疣、毛囊炎等疾病引起的，也可能是正常的生理现象，需要及时就医，明确原因。以下是可能的原因和建议：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣通常表现为阴茎根部、冠状沟、包皮等部位的肉色或淡红色丘疹，逐渐增大、增多，可呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面粗糙，质地柔软，容易出血。尖锐湿疣可伴有瘙痒、疼痛等症状。如果怀疑是尖锐湿疣，应及时就医，进行醋酸白试验、HPV检测等，以明确诊断。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫疗法等。治疗后应定期复查，以防止复发。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，主要通过直接接触传播。传染性软疣通常表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。传染性软疣可伴有瘙痒、疼痛等症状。如果怀疑是传染性软疣，应及时就医，进行疣体挤出或刮除等治疗。治疗后应避免搔抓疣体，以免感染扩散。
3.毛囊炎：由细菌感染引起，与局部皮肤不洁、搔抓、摩擦等有关。毛囊炎通常表现为阴茎根部的红色丘疹，逐渐形成脓疱，脓疱干涸、结痂后可自行脱落，一般不留痕迹，但可反复发作。毛囊炎可伴有疼痛、瘙痒等症状。如果怀疑是毛囊炎，应及时就医，进行血常规等检查，以明确诊断。治疗方法包括局部外用抗生素（如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等）、口服抗生素（如头孢呋辛酯片、阿莫西林胶囊等）等。治疗期间应注意局部皮肤清洁，避免搔抓和摩擦。
4.正常的生理现象：阴茎根部皮肤有一些正常的结构，如毛囊、汗腺、皮脂腺等，这些结构可能会出现一些变化，如毛囊堵塞、汗腺分泌旺盛、皮脂腺增生等，从而导致肉粒、疼痛等症状。这些变化通常是正常的，不需要特殊处理。但如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以排除其他疾病的可能。
总之，阴茎根部皮肤有肉粒、有点疼可能是多种原因引起的，需要及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。同时，应注意个人卫生，保持局部皮肤清洁，避免搔抓和摩擦，避免不洁性行为。