龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般来说，细菌感染引起的龟头炎常用抗生素类药物，真菌感染引起的则用抗真菌药物。比如细菌感染导致的龟头炎，可使用莫匹罗星软膏等；真菌感染引起的龟头炎，常用克霉唑乳膏等。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：对于较轻的细菌感染性龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长繁殖，起到抗感染作用。一般局部涂抹，每天2 - 3次。口服抗生素：如果感染较严重，可能需要口服抗生素，如头孢类抗生素，像头孢克肟等，可通过血液循环到达感染部位，杀灭细菌。但使用前需确认患者不对头孢类药物过敏。
真菌感染性龟头炎用药
外用抗真菌药物：常见的有克霉唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。每天涂抹1 - 2次，持续使用一段时间。特殊情况用药：如果是顽固的真菌感染，有时可能需要口服抗真菌药物，如氟康唑胶囊，但口服药需在医生指导下使用，因为可能会有一些副作用，且要注意监测肝功能等。
其他类型龟头炎用药
滴虫感染性龟头炎用药：对于滴虫感染引起的龟头炎，可使用甲硝唑乳膏外用，也可口服甲硝唑片。口服甲硝唑时要注意，用药期间避免饮酒，因为可能会引起双硫仑样反应。过敏导致的龟头炎用药：如果是过敏因素引起的龟头炎，首先要避免接触过敏原，然后可使用糖皮质激素类药膏，如氢化可的松软膏，但这类药膏不宜长期大面积使用，以免引起不良反应。
用药注意事项
保持局部清洁：无论使用哪种药物治疗龟头炎，都要注意保持龟头局部的清洁卫生，每天用清水清洗龟头，清洗时要轻柔，避免刺激龟头。遵循疗程用药：使用药物时要严格遵循疗程，不能症状一缓解就停药，否则容易导致病情反复。比如用抗生素治疗细菌感染，一般要连续使用几天，确保彻底杀灭细菌。特殊人群谨慎用药：如糖尿病患者合并龟头炎时，在用药的同时要积极控制血糖，因为高血糖环境有利于细菌和真菌生长繁殖，影响龟头炎的治疗。老年人使用药物时也要注意，因为老年人肝肾功能可能有所减退，药物代谢较慢，要密切观察药物不良反应。