肾结石的形成与多种因素相关，一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高是常见原因。
代谢异常引发肾结石
尿液中成分失衡：当尿液中钙含量过高时，就容易形成含钙的肾结石。例如，一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的人，会出现血钙升高，进而使尿钙排出增多，增加肾结石形成风险。还有尿酸代谢异常的人，体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，导致血尿酸升高，尿中尿酸浓度增加，容易形成尿酸结石。尿量过少：如果每天饮水量不足，尿量就会减少，尿液中矿物质浓度升高，就更容易析出结晶形成结石。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，保证足够的尿量来稀释尿液中的矿物质浓度。
局部因素导致肾结石
尿路梗阻：当尿路存在狭窄、畸形等情况时，尿液排出受阻，尿液在局部潴留，会使尿液中的成分更容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄的患者，就比较容易发生肾结石。另外，患有前列腺增生的男性，也可能因为尿路梗阻增加肾结石形成的几率。感染因素：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。例如，变形杆菌等能分解尿素的细菌感染尿路后，会使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积，形成感染性结石。
饮食生活习惯相关因素
高草酸食物摄入过多：像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会导致尿液中草酸浓度升高。当草酸与钙结合时，就容易形成草酸钙结石。比如，每天大量进食菠菜的人，相比饮食清淡的人，患草酸钙肾结石的几率会明显增加。高嘌呤食物摄入过多：动物内脏、海鲜、浓汤等富含嘌呤，嘌呤代谢的最终产物是尿酸，过多摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增加，易形成尿酸结石。例如，经常吃火锅、大量食用海鲜的人，患尿酸结石的风险会增高。