结核性脑膜炎主要是由结核分枝杆菌引起的。结核分枝杆菌可通过呼吸道传播等途径进入人体，进而侵犯脑膜引发结核性脑膜炎。
结核菌的来源方面
外源性感染： 主要是通过吸入含有结核分枝杆菌的飞沫传播。比如在通风不良的环境中，与患有开放性肺结核的患者密切接触，就有很大几率吸入结核分枝杆菌。据统计，当健康人吸入含有结核分枝杆菌的飞沫后，约有5% - 10%的概率会发展为结核相关疾病，其中就包括结核性脑膜炎。内源性感染： 体内其他部位的结核病灶，如肺结核、骨结核等，其中的结核分枝杆菌可通过血液循环播散到脑膜，从而引起结核性脑膜炎。例如肺部的结核病灶，结核分枝杆菌可随着血流到达脑膜，在脑膜处定植繁殖，引发炎症反应。
人体自身因素方面
免疫力低下人群： 像艾滋病患者，由于免疫系统被严重破坏，机体抵御结核分枝杆菌的能力大幅下降，更容易感染结核分枝杆菌并发展为结核性脑膜炎。据研究，艾滋病患者中结核性脑膜炎的发病率比正常人群高数十倍。还有长期使用免疫抑制剂的患者，比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的免疫力受到抑制，也容易受到结核分枝杆菌的侵袭而引发结核性脑膜炎。儿童和青少年： 儿童和青少年的免疫系统尚不完善，相对更容易感染结核分枝杆菌。而且如果儿童在婴幼儿时期感染过结核分枝杆菌，虽然当时可能没有发病，但在成长过程中，免疫系统发育不完善时，就有可能激活潜伏的结核分枝杆菌，进而导致结核性脑膜炎的发生。
结核菌的传播途径相关
呼吸道传播： 是结核分枝杆菌最主要的传播途径。当肺结核患者咳嗽、打喷嚏、大声说话时，会将含有结核分枝杆菌的飞沫排放到空气中，周围人吸入这些飞沫后，结核分枝杆菌就有可能在体内定植。比如一个肺结核患者一天咳嗽几十次，每次咳嗽排出的飞沫数量很多，周围健康人吸入后被感染的风险就会增加。消化道传播： 虽然相对少见，但也有可能发生。比如食用了被结核分枝杆菌污染的牛奶等食物，结核分枝杆菌可通过消化道进入人体，然后通过血液循环到达脑膜引发结核性脑膜炎。不过随着生活中对牛奶等食品的消毒处理，消化道传播导致结核性脑膜炎的情况已经比较罕见，但在一些卫生条件较差的地区，仍有发生的可能。