“脚指甲变得凹凸不平，肉也往里陷”，可能是以下原因导致：
1.真菌感染：如果指甲受到真菌感染，可能会导致指甲变形、变色、增厚，并出现凹陷。这种情况通常会伴有瘙痒、疼痛等症状。常见的抗真菌药物有盐酸特比萘芬乳膏、酮康唑乳膏等。
2.营养不良：缺乏某些营养素，如维生素A、铁、蛋白质等，也可能导致指甲出现异常。均衡饮食，摄入富含这些营养素的食物，如胡萝卜、鸡蛋、肉类等，有助于改善指甲状况。
3.扁平苔藓：这是一种自身免疫性疾病，可能影响指甲和周围的皮肤，导致指甲出现凹陷、变薄、变色等症状。治疗通常包括外用或口服药物，如糖皮质激素、免疫抑制剂等。具体治疗方案应根据病情而定，需在医生的指导下进行。
4.银屑病：银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，指甲病变是其常见的表现之一。指甲可能出现凹陷、增厚、变色、畸形等。治疗方法包括外用药物（如角质促成剂、角质松解剂）、光疗、系统治疗等。具体治疗方案需根据病情严重程度和个体情况制定。
5.其他原因：外伤、甲沟炎、湿疹等也可能导致指甲异常。此外，某些系统性疾病，如糖尿病、心脏病等，也可能影响指甲的健康。
如果发现脚指甲异常，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的足部卫生，避免长时间浸泡在水中，穿着合适的鞋子，也有助于预防指甲问题的发生。