毛囊炎的治疗方法需根据病情轻重等情况来定。一般来说，症状较轻的毛囊炎通过日常护理等可能就会好转，而症状明显的可能需要药物等干预。
局部治疗为主
外用药物选择：如果是细菌感染引起的毛囊炎，可外用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，起到杀菌作用。对于真菌性毛囊炎，可外用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌功效。涂抹注意事项：涂抹药物前要清洁皮肤，保持局部干燥。用药时要薄涂均匀，轻轻按摩帮助吸收，但要避免接触眼睛、口腔等黏膜部位。
全身治疗情况
病情较重时用药：当毛囊炎泛发、病情较重时，可能需要全身用药。如果是细菌感染，可口服头孢类抗生素，如头孢呋辛，它能阻碍细菌细胞壁合成而发挥杀菌作用。若是真菌性毛囊炎，病情严重时可口服伊曲康唑，它能抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌麦角固醇合成，达到抗真菌效果。全身用药禁忌：使用全身药物时要注意，对头孢类抗生素过敏者禁用头孢呋辛；孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝肾功能不全者使用伊曲康唑需谨慎，应在医生评估下使用。
日常护理要点
皮肤清洁方面：要保持皮肤清洁卫生，每天用温水清洗皮肤，但要注意水温不宜过高，一般30~40℃较为合适。尤其要注意易发生毛囊炎部位的清洁，比如头皮部位要勤洗头，保持头皮清洁干燥。生活习惯调整：要养成良好的生活习惯，保证充足睡眠，每天尽量保证7~8小时的睡眠时间，让身体得到充分休息。还要注意饮食均衡，多吃新鲜蔬菜和水果，如苹果、菠菜等，补充维生素等营养物质，少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，如辣椒、油炸食品、蛋糕等，这些食物可能会加重毛囊炎症状。