孕39周小腹隐隐作痛，原因可能包括腹部着凉、假性宫缩、胎动、产前症状等。以下是具体分析：
一、腹部着凉：若未注重腹部保暖，腹部着凉后可能致使肠道平滑肌收缩痉挛，从而引发小腹隐隐作痛。可采取热毛巾热敷的方式，并注意腹部保暖，多数情况下可得到缓解。
二、假性宫缩：怀孕39周时，因孕激素水平上升，子宫肌肉变得敏感，易出现假性宫缩，进而导致小腹隐隐作痛。这种疼痛通常没有规律性，一般在卧床休息后症状可减轻，同时要注意避免过度劳累。
三、胎动：此时胎儿力量较大，在宫内活动时冲击到腹壁，可能出现小肚子隐隐作痛的情况，通常无需特别处理。
四、产前症状：孕39周胎儿已发育成熟，提前1至2周分娩属正常现象。若小腹隐隐作痛比较有规律，且伴有阴道流血，则可能是即将分娩，应及时前往医院待产。
总之，当孕39周出现小腹隐隐作痛时，需仔细分辨原因，并根据具体情况采取相应措施，必要时及时就医。