黄体囊肿通常可自行消退，一般无需特殊治疗，若出现破裂、扭转等情况则需采取相应措施。一般来说，没有特效药物能直接消除黄体囊肿，但如果合并感染等情况可能会用到抗生素。
黄体囊肿的观察随访
黄体囊肿大多为生理性，直径一般小于5厘米，可定期复查超声，通常在月经干净后复查，多数会自行消失，一般间隔1~3个月复查一次超声观察囊肿变化。比如在月经周期的特定阶段形成的黄体囊肿，很多会随着月经周期结束而消退。
黄体囊肿破裂的处理
如果黄体囊肿破裂导致轻微腹痛、少量腹腔内出血，生命体征平稳，可采取保守治疗，需卧床休息，密切观察生命体征及腹痛情况，复查血常规看血红蛋白变化等。若破裂导致大量腹腔内出血，出现头晕、心慌、血压下降等休克表现，需紧急手术治疗，通过手术止血、修复黄体囊肿部位等。
黄体囊肿扭转的处理
当黄体囊肿发生扭转时，会突然出现一侧下腹部剧烈疼痛，伴有恶心、呕吐等症状。一旦怀疑黄体囊肿扭转，需尽快手术治疗，手术方式通常是行患侧卵巢囊肿剥除术或患侧附件切除术，避免扭转时间过长导致卵巢坏死等严重后果。
黄体囊肿合并感染的处理
若黄体囊肿合并感染，会出现发热、下腹部压痛、反跳痛等表现，此时需要使用抗生素抗感染治疗，根据感染的严重程度选择合适的抗生素，如头孢类抗生素等，同时可能需要进一步评估是否需要手术引流等处理来控制感染。