乳腺囊肿的治疗方法需根据具体情况而定。一般来说，较小的单纯性乳腺囊肿可能无需特殊治疗，定期观察即可，每3~6个月复查乳腺超声，了解囊肿变化情况。
观察随访
无症状小囊肿：如果乳腺囊肿较小，直径在1厘米以内，且没有明显症状，如疼痛、乳头溢液等，通常建议定期随访观察。一般每3~6个月进行一次乳腺超声检查，观察囊肿的大小、形态等变化。因为部分小的乳腺囊肿可能会自行消退。稳定囊肿的观察：对于已经存在一段时间且大小、形态没有明显变化的乳腺囊肿，也可以继续观察。只要囊肿没有异常增大、恶变倾向等情况，就可以持续定期复查。
药物治疗
对症止痛药物：如果乳腺囊肿患者伴有乳房疼痛症状，可以在医生指导下使用一些对症的止痛药物，如布洛芬等非甾体抗炎药来缓解疼痛。但药物主要是缓解症状，不能使囊肿消失。不过这类药物使用时要注意，有消化道溃疡等疾病的患者要谨慎使用，需在医生评估后再决定是否应用。
手术治疗
囊肿较大或有恶变倾向时：当乳腺囊肿直径超过2厘米，或者通过检查怀疑有恶变可能时，通常需要进行手术治疗。手术方式主要有囊肿穿刺抽吸术和囊肿切除术。囊肿穿刺抽吸术是用注射器将囊肿内的液体抽出，这种方法操作相对简单，但部分患者可能会复发。而囊肿切除术是将囊肿完整切除，切除组织需送病理检查以明确性质。一般年龄较大（如40岁以上）、囊肿较大且实性成分较多的患者，更需要考虑手术切除并明确病理情况。