咽部乳头状瘤主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的。研究发现，约60% - 70%的咽部乳头状瘤与HPV 6型、11型等低危型HPV感染有关。
病毒感染途径方面
接触传播： HPV可以通过直接接触感染部位传播。比如，与已经感染HPV的患者有密切的口 - 口接触，就有可能被传染。在一些卫生条件较差、人群聚集的场所，这种直接接触感染的风险会相对增加。黏膜传播： 咽部的黏膜是HPV入侵的重要部位。当黏膜有微小破损时，HPV更容易侵入细胞并引起细胞的异常增殖，从而导致乳头状瘤的形成。例如，长期吸烟、饮酒等不良生活习惯可能会损伤咽部黏膜，使黏膜的抵抗力下降，增加HPV感染的易感性。
局部刺激因素影响
慢性炎症刺激： 咽部长期受到慢性炎症的刺激，会使局部组织处于一种增生、修复的异常状态。慢性咽炎患者如果长期不愈，咽部黏膜反复受到炎症因子的刺激，就可能诱发乳头状瘤。有研究表明，慢性咽炎病史超过5年的患者，咽部乳头状瘤的发病几率比无慢性咽炎病史的人群高出约2 - 3倍。机械性刺激： 一些不良的生活习惯也会对咽部造成机械性刺激。比如经常过度用嗓，长时间大声说话、唱歌等，会频繁摩擦咽部黏膜；或者经常食用过烫、过于粗糙的食物，这些都会反复刺激咽部黏膜，导致黏膜细胞异常增生，增加咽部乳头状瘤的发生风险。
个体免疫状况差异
免疫力低下人群： 当人体免疫力低下时，对HPV的清除能力减弱。例如，患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，由于免疫系统受到严重破坏，无法有效抵御HPV的感染，咽部乳头状瘤的发病几率会明显高于正常人。一般来说，艾滋病患者发生咽部乳头状瘤的概率比健康人高10 - 20倍。儿童与老年人： 儿童的免疫系统尚不完善，老年人的免疫系统逐渐衰退，两者的免疫力相对较弱。儿童如果感染HPV，更容易发展为咽部乳头状瘤；老年人由于免疫力下降，即使感染HPV后初期症状不明显，但随着时间推移，也较容易出现咽部乳头状瘤的病变。