甲状腺球蛋白低可能由多种原因引起。一般来说，甲状腺切除术后患者可能出现甲状腺球蛋白低的情况，部分自身免疫性甲状腺疾病患者也可能有甲状腺球蛋白低的表现。
疾病相关因素
甲状腺切除手术影响： 当患者因甲状腺癌等疾病接受甲状腺全切手术时，术后甲状腺球蛋白水平通常会显著降低。因为甲状腺是产生甲状腺球蛋白的主要器官，全切后无法再合成甲状腺球蛋白。例如，大部分甲状腺癌行全切术的患者，术后甲状腺球蛋白会处于较低水平。自身免疫性甲状腺疾病作用： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），自身免疫系统会攻击甲状腺组织，影响甲状腺的正常功能，导致甲状腺球蛋白合成减少，进而出现甲状腺球蛋白低的情况。患者体内会产生针对甲状腺的自身抗体，破坏甲状腺细胞，使得甲状腺球蛋白的分泌降低。
治疗相关因素
甲状腺素替代治疗影响： 如果患者因甲状腺功能减退接受外源性甲状腺素替代治疗，长期使用较大剂量的甲状腺素，可能会通过负反馈调节抑制垂体分泌促甲状腺激素（TSH），从而影响甲状腺自身的功能，导致甲状腺球蛋白分泌减少。比如长期服用左甲状腺素钠片剂量偏大的患者，可能出现甲状腺球蛋白低的现象。碘缺乏相关治疗： 在一些碘缺乏地区，患者通过补碘治疗后，甲状腺功能恢复正常，但在此过程中，甲状腺球蛋白的合成可能会有暂时的波动，部分患者可能出现甲状腺球蛋白低的情况。因为碘是合成甲状腺球蛋白的重要原料，碘缺乏纠正后，甲状腺功能调整过程中可能会出现暂时的甲状腺球蛋白水平变化。
其他潜在因素
蛋白质营养不良： 长期蛋白质摄入不足，会导致身体整体营养状况不佳，影响甲状腺球蛋白的合成。因为甲状腺球蛋白属于蛋白质的一种，身体缺乏合成蛋白质的原料时，甲状腺球蛋白的合成会受到限制。例如长期素食且蛋白质摄入极少的人群，可能出现甲状腺球蛋白低的情况。某些全身性疾病影响： 严重的肝脏疾病会影响蛋白质的合成代谢，从而间接影响甲状腺球蛋白的产生。因为肝脏是参与蛋白质合成、代谢等多种生理过程的重要器官，肝脏功能受损时，会干扰包括甲状腺球蛋白在内的多种蛋白质的合成，导致甲状腺球蛋白水平降低。比如肝硬化患者，可能出现甲状腺球蛋白低的现象。