扁桃体结石通常可以通过日常清理、医疗工具取出以及手术等方式取出。一般来说，较小的扁桃体结石可以先尝试日常清理。
日常清理方法
漱口清理： 每天用温盐水漱口是简单的方法。可以准备一杯温开水，加入适量食盐，搅拌均匀后用来漱口，每次漱口时间保持30秒左右，通过水流的冲击和盐水的杀菌作用，可能会帮助松动并清除较小的扁桃体结石。不过这种方法对于较大较顽固的结石效果有限。棉签清理： 对于能看到且位置较浅的较小结石，可以用干净的棉签轻轻尝试拨出。但要注意动作轻柔，避免损伤扁桃体组织。如果操作不当，可能会引起扁桃体的疼痛或出血。
医疗工具取出
镊子取出： 医生会使用专业的镊子，在消毒后小心地将扁桃体结石取出。这种方法需要医生有一定的操作经验，能准确找到结石位置。一般在诊所或医院的耳鼻喉科，医生可以通过这种方式处理不太复杂的扁桃体结石情况。负压吸引器吸出： 有的医生会使用负压吸引器来吸出扁桃体结石。通过产生的负压将结石吸出，相对来说可能比镊子更节省时间，而且对组织的损伤可能较小，但也需要医生熟练操作。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石反复出现，并且患者的扁桃体已经因为结石等问题经常发炎、肿大，严重影响生活质量，医生可能会建议进行扁桃体切除术。不过这是最后的手段，一般在其他治疗方法效果不佳时才会考虑。而且术后需要一定的恢复时间，患者要注意休息，按照医生的要求进行护理，一般术后1 - 2周伤口会逐渐愈合。