有胎心胎芽仍会停胎的原因包括母亲身体方面以及胎儿自身发育异常。
一、母体原因：
1.在怀孕的前三个月发生停胎，可能是因为母亲在胎儿发育期间服用了不恰当的药物，或者接触了具有刺激性的化学物品，从而导致胎儿畸形。
2.母亲若长期营养不良或是本身患有免疫系统疾病，也有可能引发停胎。
二、胎儿发育异常：
1.倘若存在胚胎自身缺陷、染色体异常等情况，也可能导致虽有胎心胎芽但仍出现胎停育。
2.在受孕时，如果精子和卵子质量不佳，在结合过程中就可能出现偏差，这或许会直接影响胚胎的发育，比如出现染色体异常，这些因素可能致使胎儿畸形甚至停胎。
当发生胎停育时，务必要及时前往医院进行检查，并依据医生的诊断做出相应处理。
总结：有胎心胎芽却停胎的原因主要来自母体和胎儿自身两方面，母体可能因药物、化学物品、营养不良、免疫系统疾病等影响，胎儿可能因自身缺陷、染色体异常等导致，一旦胎停育要尽快检查处理。