阴道内菌群失调往往与患有细菌性阴道病相关，对此可在医生指导下采用外用药物或口服药物来治疗。
一、外用药物治疗：当阴道内菌群失调时，有可能引发加德纳菌或厌氧菌感染，进而会出现外阴瘙痒、白带量增多等症状。此时可在医生指导下外用甲硝唑阴道栓剂或双唑泰栓等进行医治，务必要按照疗程使用药物。
二、口服药物治疗：可在医生指导下应用甲硝唑、替硝唑以及克林霉素等药物，这些药物对厌氧菌感染有一定作用，且不会影响乳杆菌生长。但一定要严格遵循规定剂量用药，同时尽量饭后服用，因为这类药物对胃的刺激性较强，空腹服用容易导致恶心以及上腹部不适等情况。
此外，阴道内菌群失调还需注意个人卫生，要勤洗澡，勤换内衣裤，内衣裤最好进行高温消毒，并且尽可能选择淋浴，避免盆浴。同时在患病期间要严禁性生活。
总之，对于阴道内菌群失调，要及时就医并遵医嘱进行相应治疗，同时做好个人卫生等方面的护理。