脑萎缩目前没有能完全逆转病情的特效药物，但可以根据不同情况使用一些药物来缓解症状或延缓进展。比如对于伴有认知障碍的脑萎缩患者，可能会用到胆碱酯酶抑制剂等。
针对病因的药物治疗
血管性脑萎缩相关药物：如果脑萎缩是由脑血管疾病引起，像脑梗死导致的，可能会使用改善脑循环的药物，比如丁苯酞软胶囊，它能改善脑缺血区的微循环和血流量，促进脑梗死灶的修复。但这类药物需在医生评估病情后使用。退行性脑萎缩相关药物：对于一些退行性病变导致的脑萎缩，目前还没有针对病因的特效药物能完全阻止病情发展。不过可以使用营养神经的药物，如甲钴胺片，它参与脑细胞和脊髓神经纤维内核酸、蛋白质的合成，促进巨幼红细胞的分裂和成熟。
缓解症状的药物
认知障碍改善药物：当脑萎缩患者出现认知功能减退时，可能会用到多奈哌齐，它通过抑制乙酰胆碱酯酶，增加突触间隙乙酰胆碱的浓度，从而改善阿尔茨海默病患者的认知功能，但用药需严格遵循医嘱，且不同患者对药物的反应可能不同。精神症状控制药物：若脑萎缩患者伴有精神症状，比如出现幻觉、妄想等，可能会用到抗精神病药物，如奥氮平，但这类药物有一定的副作用，需要密切观察患者用药后的反应。
其他辅助药物
抗氧化剂相关药物：有研究认为一些抗氧化剂可能对脑萎缩有一定辅助作用，比如维生素E，它具有抗氧化性，能保护细胞免受自由基的损伤，但目前其对脑萎缩的具体作用还需更多研究证实，不能单独依靠它来治疗脑萎缩。神经营养因子相关药物：一些神经营养因子相关的药物，如脑蛋白水解物片，它能以多种方式作用于中枢神经，调节和改善神经元的代谢，促进突触的形成，诱导神经元的分化，并进一步保护神经细胞免受各种缺血和神经毒素的损害，但使用时也需在医生指导下进行。