疣状痣主要是由表皮细胞发育过度引起的皮肤良性肿瘤，其形成与遗传因素有一定关联，约有1/3的患者有阳性家族史。
遗传因素相关情况
常染色体显性遗传：疣状痣多数呈常染色体显性遗传方式。这意味着如果父母一方患有疣状痣，其子女有一定的概率遗传到相关基因，从而增加患疣状痣的可能性。据统计，有家族遗传背景的疣状痣患者占比较为明确，但具体数字因不同研究样本有所差异，一般在30%左右。基因变异影响：相关基因的特定变异会导致表皮细胞的异常增殖分化，使得角质形成细胞过度增生，从而在皮肤表面形成疣状的损害。
胚胎发育时期的因素
胚胎早期分化异常：在胚胎发育的早期阶段，皮肤组织的细胞分化出现异常。例如，在胚胎第10 - 16周时，外胚层发育过程中出现紊乱，就可能导致局部皮肤的表皮细胞出现异常增殖，进而形成疣状痣。这种胚胎发育时期的异常是随机发生的，并非由外界因素直接引起，而是胚胎自身发育过程中的偶然事件导致基因表达和细胞分化出现偏差。细胞克隆性增殖：局部的表皮细胞发生克隆性增殖，使得某一区域的皮肤细胞过度生长，形成外观上呈疣状的皮损。这种克隆性增殖可能是由于胚胎发育过程中细胞的有丝分裂调控出现问题，导致特定区域的细胞不断分裂，而无法正常进行分化成熟，最终形成疣状痣。
其他可能相关因素
环境因素的潜在影响：虽然环境因素不是疣状痣形成的主要原因，但有研究发现，一些在胚胎发育期间受到外界不良环境刺激的情况，可能会增加疣状痣的发生风险。比如母亲在孕期接触某些化学物质、受到辐射等，但这种情况相对较为少见，且通常是在遗传背景的基础上起辅助作用。不过目前对于环境因素与疣状痣形成的确切关联还在进一步研究中，相关的大规模流行病学调查还在不断开展以明确具体的影响程度和机制。激素水平的微弱关联：有学者推测，激素水平的变化可能对疣状痣的形成有一定影响。例如在青春期等激素水平波动较大的时期，部分患者的疣状痣可能会有所变化，但这种关联并不像遗传因素那样明确和直接，还需要更多的研究来证实激素水平在疣状痣形成过程中的具体作用机制和确切影响程度。