灰指甲治疗通常可采用外用药物、口服药物以及手术等方法。一般来说，外用抗真菌药物治疗需要持续数月，比如常用的阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能看到效果，但起效相对较慢。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，不过疗程相对较长，可能需要连续使用数月。环吡酮胺乳膏：同样是外用抗真菌药物，通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程来发挥杀菌作用。涂抹在病甲周围的皮肤上，每天1 - 2次，需要坚持使用，直到新甲长出。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周停3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而达到抗真菌效果，但服用期间需要定期监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是口服抗真菌药，每天服用一次，一般手指甲癣需要服用6 - 8周，脚趾甲癣需要服用12 - 16周。它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲可以考虑拔甲，在局部麻醉下将病甲拔除，不过术后需要精心护理，防止感染，而且新长出的指甲可能需要较长时间才能恢复正常，并且拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，降低复发风险。但这种方法创伤相对较大，现在应用相对较少。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，破坏真菌生存环境来达到治疗目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对来说痛苦较小，但费用可能较高，而且并非所有患者都能取得理想效果，还在进一步的临床应用和研究中。