治疗灰指甲并没有绝对最快最好的方法，通常可以结合口服药物、外用药物以及手术等方式综合治疗。一般来说，口服抗真菌药物如伊曲康唑等，按疗程规范使用有较好效果，但具体还需根据个人情况而定。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑：它是一种广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。一般采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，根据灰指甲的严重程度可能需要2 - 3个疗程。不过，肝功能异常者需谨慎使用。特比萘芬：能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到杀菌效果。通常每日口服250mg，连续服用6 - 12周，指甲感染一般需要连续服用12周，趾甲感染可能需要12 - 16周。但有严重肝肾功能不全者要遵医嘱。
外用药物辅助治疗
阿莫罗芬搽剂：它可以渗透进入甲板，干扰真菌细胞壁的合成，起到抗真菌作用。每周使用1 - 2次，连续使用6个月左右，对于轻度灰指甲有一定疗效。不过，使用时要注意避免接触眼睛和口腔黏膜，且指甲有破损时要先处理好伤口再使用。环吡酮胺乳膏：能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞的代谢过程。可直接涂抹在病甲上，每天1 - 2次，坚持使用数月。但对本药过敏者禁用，涂抹时不要大面积使用。
手术拔甲治疗
对于单发的灰指甲，可考虑手术拔甲。手术需在局部麻醉下进行，将病甲拔除。不过，手术创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且术后可能会有疼痛、出血等情况，并且新长出来的指甲有可能再次感染真菌，所以术后要做好护理，保持伤口清洁干燥，避免沾水。一般适合指甲损毁严重、外用和口服药物效果不佳的情况。