飞秒激光手术后遗症主要有以下两点：
一、角膜炎。进行飞秒激光手术后，如果术后护理不佳，就可能引发角膜炎。其主要表现为眼睛出现红肿、疼痛，有脓性分泌物渗出，存在摩擦感等症状。此时需要尽快前往医院，依据具体情况遵循医嘱使用抗炎药物，比如红霉素眼膏或者左氧氟沙星滴眼液等。
二、视力减退。若手术操作有误，导致出现过矫或欠矫的情况，那么不仅无法治好近视，还可能使视力出现减退现象。这种情况下也需要及时到医院，根据实际状况再次进行手术修复。
总之，飞秒激光手术后可能出现一些后遗症，要做好护理和观察，一旦有异常应及时就医处理。