难免流产的原因较多，其中染色体异常是常见原因之一，约占50%~60%。染色体异常包括数目异常和结构异常，比如三体、单体等数目异常，或染色体片段的缺失、重复、易位等结构异常，都会影响胚胎正常发育，导致难免流产。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，使得胚胎难以继续生长，从而增加难免流产的风险。甲状腺功能减退也会影响胚胎的发育，甲状腺激素分泌不足会干扰胚胎的代谢等过程，增加流产几率。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病时，也可能引发难免流产。像孕妇患有严重的高血压，会导致胎盘供血不足，影响胎儿的营养供应和正常发育；患有糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境会影响胚胎的生长，增加流产风险。
子宫因素：
子宫解剖异常： 子宫畸形是常见的子宫解剖异常情况，比如纵隔子宫，子宫腔内存在纵隔，会影响胚胎的着床和发育空间，使胚胎种植困难，容易发生流产。子宫肌瘤也可能导致难免流产，如果肌瘤较大，占据了子宫内的空间，或影响了子宫的血供，就会对胚胎造成不利影响。宫腔粘连： 宫腔粘连会使宫腔容积减小，影响胚胎的着床和发育。多次人工流产等宫腔操作可能导致宫腔粘连，从而增加难免流产的发生概率。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇自身免疫功能出现异常时，体内的免疫系统可能会攻击胚胎，导致流产。例如，孕妇存在抗磷脂抗体综合征，体内产生的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，使胚胎得不到充足的营养和氧气，进而引发难免流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致难免流产。正常情况下，母体应对胚胎有一定的免疫耐受，但如果这种耐受出现异常，母体的免疫系统就会将胚胎识别为“异物”进行攻击，从而导致流产的发生。