腱鞘囊肿的治疗方法有多种，一般来说可以先尝试保守治疗，比如让囊肿自行消退，不过这可能需要数周甚至数月时间。如果保守治疗效果不佳，还可以考虑其他治疗方式。
保守治疗观察
自行消退可能：部分较小的腱鞘囊肿有一定概率自行消退，不过这个过程不确定，有的可能需要数周时间。比如一些比较小的手腕部位的腱鞘囊肿，有大概10% - 20%的可能会在几个月内自然消失。按压挤压：可以尝试用手按压囊肿，通过外力使其破裂，让液体被吸收。但这种方法有一定风险，操作不当可能引起疼痛或者复发等情况，而且不是所有人都适合，比如儿童就不建议自行用这种方法处理。
穿刺抽吸
操作及效果：医生可以用注射器将囊肿内的液体抽出，然后向囊内注射糖皮质激素等药物，之后加压包扎。这种方法有一定疗效，不过有复发的可能，大概有1/3的患者可能在几个月内复发。一般单次穿刺抽吸后的复发率相对较高。
手术治疗
适用情况：如果腱鞘囊肿反复发作，或者囊肿较大影响到关节活动等情况，就可以考虑手术治疗。手术是将囊肿完整切除，相对来说复发率比穿刺抽吸低一些，但手术也有一定风险，比如可能会出现感染、损伤周围组织等情况，不过总体来说手术治疗的复发率大概在5% - 10%左右。手术之后需要一定时间恢复，一般需要2 - 4周左右基本能恢复日常活动，但完全恢复正常可能需要更长时间。
康复锻炼辅助
锻炼方法：在治疗前后都可以进行适当的康复锻炼。比如手腕部位的腱鞘囊肿，康复锻炼可以包括缓慢屈伸手腕、旋转手腕等动作。每天进行3 - 4次，每次10 - 15分钟左右的锻炼，有助于促进局部血液循环，辅助治疗腱鞘囊肿，也能预防复发。不过锻炼要适度，避免过度劳累加重病情。