男性上完厕所尿道有点痛，可能由多种原因引起。比如尿道炎就比较常见，一般来说，急性尿道炎的发病率相对较高。
一、尿道炎导致
淋菌性尿道炎： 主要是由淋病奈瑟菌感染引起，多通过性接触传播。除了尿道痛，还可能有尿道分泌物，开始为黏液性，后变为脓性。非淋菌性尿道炎： 常见病原体是沙眼衣原体、解脲支原体等。症状相对淋菌性尿道炎较轻，尿道会有瘙痒感，同时伴有疼痛。
二、膀胱炎引发
急性膀胱炎： 常因细菌感染所致，女性发病率相对高，但男性也可能患病。除了尿道痛，还会有尿频、尿急，严重时可能出现血尿。一般来说，急性膀胱炎发病较急，在短时间内症状会比较明显。间质性膀胱炎： 病因尚不明确，可能与自身免疫等因素有关。主要表现为膀胱区疼痛，在排尿后尿道痛可能会有一定程度的缓解，但会有持续的膀胱不适感。
三、结石因素
尿道结石： 如果尿道存在结石，在排尿过程中，结石可能会刺激尿道黏膜，从而引起尿道疼痛，这种疼痛可能比较剧烈，而且排尿可能会出现困难。膀胱结石： 膀胱内的结石移动时，可能会损伤尿道黏膜，导致上完厕所后尿道有点痛，同时可能伴有排尿中断等现象。
四、其他原因
外伤： 如果尿道受到过外伤，比如骑跨伤等，也可能会出现上完厕所尿道痛的情况，同时可能会有局部的肿胀等表现。过敏： 对某些物质过敏，比如使用了不合适的卫生用品等，可能会引起尿道局部的过敏反应，出现疼痛等症状。