首先，阿米巴结肠炎的治疗包括一般治疗和病原治疗。一、一般治疗：对于急性阿米巴结肠炎患者，要卧床休息，并给予流质或少渣饮食；慢性患者则应加强营养，同时注意避免刺激性食物的摄入。当腹泻严重时，需适当补液以及纠正水与电解质紊乱，而重型患者要给予静脉输液和输血等支持治疗。二、病原治疗：目前常用的抗阿米巴药物有硝基咪唑类，1.甲硝唑：成人口服每次0.4克，每日3次，10天为一疗程。2.替硝唑：成人每天2克，一次口服，连服5天为一疗程，重型阿米巴病可静脉滴注。3.奥硝唑：成人口服每次0.5克，每日2次，10天为一疗程。4.塞克硝唑：成人口服每天2克，一次口服，连服5天为一疗程。5.二氯尼特：是目前最有效的杀包囊药物，口服每次0.5克，每日3次，疗程10天。
总之，阿米巴结肠炎的治疗需综合考虑一般治疗和病原治疗，根据患者具体情况选择合适的治疗方案和药物。