四价和九价宫颈癌疫苗主要在预防HPV型别、适用年龄和价格上有区别。四价疫苗预防2种高危型HPV（16、18型）和2种低危型HPV（6、11型），适用年龄是20~45岁，价格通常在800~1200元/支左右，全程3针大概2400~3600元；九价疫苗能预防6、11、16、18、31、33、45、52、58型HPV，适用年龄是16~26岁，价格一般在1300~1500元/支，全程3针差不多3900~4500元。
预防的HPV型别不同
四价宫颈癌疫苗：主要针对HPV6型、11型、16型、18型。其中HPV16型和18型属于高危型，可引发约70%的宫颈癌；HPV6型和11型属于低危型，能引起90%的尖锐湿疣。九价宫颈癌疫苗：在四价疫苗覆盖的基础上，额外增加了HPV31、33、45、52、58型。能预防更多导致宫颈癌和其他相关癌症及病变的高危型别，预防宫颈癌的效力能达到90%左右。
适用年龄范围有差异
四价宫颈癌疫苗：适用年龄是20~45岁的女性。九价宫颈癌疫苗：适用年龄相对较窄，是16~26岁的女性。不过，不同地区可能会根据实际情况有一些细微调整，但大体范围如此。
价格方面有区别
四价宫颈癌疫苗：每针价格大概在800~1200元，全程需要接种3针，所以总费用通常在2400~3600元左右。九价宫颈癌疫苗：每针价格一般在1300~1500元，3针下来总费用差不多是3900~4500元。九价疫苗因为预防的型别更多，所以价格相对四价会高一些。
接种程序和注意事项有别
四价宫颈癌疫苗：接种程序是0、2、6个月各接种1针，也就是第一针接种后，间隔2个月接种第二针，间隔6个月接种第三针。接种时要注意，对疫苗成分过敏者不能接种，发热、急性病期的女性要暂缓接种。九价宫颈癌疫苗：接种程序同样是0、2、6个月各接种1针。接种禁忌和四价类似，对疫苗成分过敏者禁用，怀孕或备孕的女性不建议接种，接种后要留观30分钟再离开。