怀孕40天可以进行流产操作。首先要强调的关键点如下：
一、彩超检查确认宫内妊娠并了解孕囊大小。
二、根据具体情况选择流产方式。
具体阐述如下：
一、在决定流产之前，必须要通过彩超检查来明确是宫内妊娠，同时清楚地知晓孕囊的大小情况。这一步骤至关重要，只有准确掌握了这些信息，才能为后续的决策提供可靠依据。
二、关于流产方式的选定，存在多种情况。1.如果既往没有生育史，也没有流产史，那么可以考虑选择药物流产。因为临床观察发现，对于首次妊娠进行药物流产的成功率要比那些有孕产史的人高一些，然而，依然存在药流不完全的风险，这种情况下就需要进行二次清宫。2.要是既往有孕产史，那么建议选择做人流，其中可以选择无痛人流。但无论选择哪一种方式，都不可避免地会对身体造成一定程度的伤害。
总之，怀孕40天流产需谨慎对待，做好各项检查和选择合适的流产方式非常重要，同时要清楚每种方式都有其利弊和潜在风险。