骶管囊肿的形成目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性因素，胚胎发育过程中，神经管闭合异常等情况可能导致骶管部位出现囊肿样结构，有研究发现部分骶管囊肿患者存在先天性的椎管发育异常相关表现。
先天性发育因素
神经管闭合相关：在胚胎早期，神经管的正常闭合对于脊柱和椎管的发育至关重要。如果神经管闭合过程出现微小的差错，就可能影响骶管区域的组织发育，进而引发骶管囊肿。比如在胚胎发育的特定阶段，某些基因表达异常可能干扰神经管周围组织的正常分化，使得骶管内出现囊性结构。椎管结构异常：部分人天生椎管结构就存在一些细微的异常，像椎管内的蛛网膜结构等出现局部薄弱区域，随着脑脊液的流动等因素影响，脑脊液容易在这些薄弱处聚集，逐渐形成囊肿。
后天性因素相关
外伤影响：腰部受到外伤时，可能会导致骶管内的组织发生改变，比如局部的出血、水肿等，进而影响脑脊液的循环和分布，增加骶管囊肿形成的风险。有临床观察发现，有腰部外伤史的人群中，骶管囊肿的发生率相对没有外伤史的人群会略有升高。慢性劳损：长期从事重体力劳动或者长时间保持不良姿势的人，腰部的压力变化较为频繁，这可能会影响骶管内的压力平衡。长期的压力不均衡可能导致骶管内的组织出现适应性改变，使得脑脊液容易在局部积聚形成囊肿。例如，长期弯腰工作的工人，腰部肌肉和韧带长期处于紧张状态，进而影响骶管区域的生理环境。退行性变：随着年龄的增长，人体脊柱会出现退行性改变，骶管区域也不例外。椎间盘退变、椎体骨质增生等退行性变化可能会影响骶管内的空间结构，改变脑脊液的正常流动路径，从而为骶管囊肿的形成创造条件。一般来说，40岁以上人群随着年龄增加，骶管囊肿的检出率会逐渐上升。