流行性乙型脑炎的传播源主要是带病毒的动物，其中猪是最重要的传染源。在流行地区，猪的感染率可高达100%，且猪感染乙脑病毒后，血中病毒含量高，病毒血症期长达5天，易使蚊子受感染。
一、家畜类传染源
1. 猪： 猪是流行性乙型脑炎病毒的主要中间宿主和扩散宿主。猪感染乙脑病毒后，会出现病毒血症，持续时间较长，能够携带病毒的蚊子叮咬其他动物或人时，就可能传播病毒。2. 马： 马也是乙脑病毒的宿主之一，马感染乙脑病毒后会发病，不过马不是主要的扩散宿主，相对猪来说，马在乙脑传播中的作用没有猪那么关键，但也可能成为传染源。
二、禽类传染源
1. 鸡： 鸡可以感染乙脑病毒，虽然鸡感染后的病毒血症一般持续时间较短，但在局部地区如果鸡的感染率较高，也有可能参与乙脑病毒的传播。2. 鸭： 鸭同样可能感染乙脑病毒，不过鸭感染后的病毒载量通常相对较低，在乙脑传播中的作用相对有限，但在一些特定环境下，也可能成为传播环节中的一部分。
三、野生脊椎动物传染源
1. 鸟类： 很多野生鸟类都可能感染乙脑病毒，一些候鸟在迁徙过程中可能会携带病毒进行传播，不过鸟类感染乙脑病毒后，大多症状不明显，成为病毒的长期储存宿主之一。2. 蝙蝠： 蝙蝠也是乙脑病毒的自然宿主之一，蝙蝠感染乙脑病毒后可以长期携带病毒，并且能够通过蚊子等媒介将病毒传播给其他动物和人，在乙脑病毒的维持和传播中起到一定作用。