肛瘘手术的住院时长受多种因素影响，主要包括病情轻重、治疗方法以及医院条件等。具体如下：
一、病情轻重：
1.若为低位的单纯性肛瘘，瘘管较短且切开的创口较浅，创面愈合通常较快，一般住院三天左右即可。
2.要是病情较为复杂，病变部位较高，那么换药次数会增多，住院时间也相对较长，大约需要半个月左右。
二、治疗方法：
1.肛瘘手术若采取微创手术，住院时间较短，通常3至5天就行。
2.但如果是采取完全切开等传统术式，因其创口较大，住院时间大概在15至20天左右。
三、医院条件：
1.倘若就诊医院的病床较为紧张，在病情允许的情况下，可能会让患者提早出院。
2.因为肛瘘手术后，不管是开放引流还是挂线疗法等，只要没有细菌感染，对人体的影响一般不大，可选择出院后在门诊换药。当然在医院条件允许时，也可以住院到完全恢复后再出院。
总之，肛瘘手术的住院时间需综合考虑各方面因素，患者应与医生充分沟通，根据自身实际情况来合理安排住院时间。