睡醒后肩膀酸痛的原因包括受凉、过度疲劳、肩周炎等，应及时就医明确病因后对症治疗，具体如下。
一、受凉：睡眠时肩部未盖好衣被，易致肩关节出现无菌性炎症，从而睡醒后有肩部酸痛感。可采取如下措施，(1)热水袋热敷；(2)轻轻按摩；(3)艾灸以祛除寒气、疏通经络来改善疼痛。同时，平时要注意保暖，避免着凉。
二、过度疲劳：白天剧烈运动或长期背负重物等致肩膀过度劳累，可能诱发睡醒后肩部酸痛。治疗可，1.遵医嘱局部外用活血止痛膏、云南白药膏等，这些膏药有活血通络、舒筋止痛之效，可缓解肩部酸痛表现；2.采用针灸、推拿等促进康复。
三、肩周炎：患者有肩周炎时，通常表现为肩关节周围疼痛、僵硬、活动受限等症状，白天劳累后会出现睡醒后肩部酸痛情况。治疗可，(1)给予热敷、红外线照射、按摩等缓解疼痛；(2)必要时遵医嘱口服舒筋活络、祛风除湿的药物如颈复康颗粒，或服用活血止痛胶囊以改善症状。此外，日常生活中不要长时间伏案工作，要注意休息，平时可加强肩部功能锻炼以提升肩关节稳定性，防止病症加重。
总之，睡醒后肩膀酸痛可能由多种原因引起，需明确具体原因后采取针对性的治疗措施。