阴茎上长小肉疙瘩的原因及治疗方法如下：
1.珍珠状阴茎丘疹：这是一种良性皮肤变异，可能与生理发育变异、局部刺激或感染有关。通常表现为阴茎冠状边缘和冠状沟出现珍珠状、半透明或白色的小丘疹，无压痛，一般不需要治疗。如果患者有治疗需求，可以通过激光、冷冻、电灼等物理方法去除疣体。
2.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要表现为外生殖器及肛门周围出现乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物，可逐渐增大或相互融合，伴有瘙痒、疼痛、性交出血等症状。治疗方法包括物理治疗、药物治疗和免疫疗法等。物理治疗包括激光、冷冻、电灼等，药物治疗主要使用抗病毒药物和免疫调节剂，免疫疗法包括局部免疫治疗和全身免疫治疗。
3.阴茎肿瘤：阴茎癌是一种比较少见的恶性肿瘤，常见于包茎或包皮过长的患者。早期表现为阴茎头或包皮内板的丘疹、疣或溃疡，逐渐增大，可伴有疼痛、出血和恶臭。治疗方法主要是手术治疗，包括阴茎部分切除术和阴茎全切术。
4.其他：阴茎上长小肉疙瘩还可能与皮脂腺异位症、传染性软疣、扁平湿疣等疾病有关。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体情况需要患者及时就医，进行详细的检查和诊断，并在医生的指导下选择合适的治疗方法。同时，患者应注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免不洁性行为，以预防疾病的发生。